今年も多くの選手がドラフトで指名されましたが、高く評価されながら指名漏れとなった選手もおりました。主な指名漏れの選手をまとめました。
| 選手 | 特徴 | |
| 二階堂誠治 女満別 | 投 右右 175cm75kg | 2年生で145kmを記録し、3年生センバツでも好投を見せた。 |
| 金井貴之 片倉 | 投 右右 179cm88kg | 145km速球を武器に夏にベスト４まで勝ちあがった |
| 水戸海人 立花学園 | 外 右両 178cm74kg | 50m5.8秒の俊足にプロスカウトも評価していた。 |
| 小林義広 山梨学院大付 | 内 右左 181cm78kg | 2年生の夏に5本塁打記録し注目された。 |
| 神原友 東海大甲府 | 投 右右 180cm80kg | 鋭いスライダーで全国ベスト４、１８Ｕ世界大会でも好投見せた。 |
| 青山大紀 智弁学園 | 投 右左 182cm72kg | 投げては148km、打っても長打の選手 |
| 吉村昂祐 天理 | 内 右右 187cm80kg | １８７ｃｍで長打が魅力の大型遊撃手 |
| 福山純平 東大阪大柏原 | 投 右右 174cm70kg | ２年の夏に１４４ｋｍ速球で甲子園で活躍 |
| 西川顕人 佐世保工 | 投 左左 190cm85kg | 長身左腕投手で６球団がマーク |
| 手登根祥 浦添工 | 内 右左 180cm85kg | 春から注目されていた一発長打のスラッガー |
| 吉田友大 青森大 | 投 右右 184cm85kg | １５０ｋｍの素材型投手 |
| 萩野裕輔 東北福祉大 | 投 左左 181cm78kg | １４３ｋｍ左腕もケガで途中登板できず |
| 松本幸一郎 立教大 | 内 右左 178cm78kg | 東北楽天や横浜DeNAがリストアップしていた遊撃手 |
| 阿加多直樹 慶応大 | 捕 右左 182cm82kg | 常に打率上位を記録した打てる捕手、日本代表候補にも入った |
| 萩原圭悟 関西学院大 | 内 右左 181cm85kg | 大阪桐蔭で全国制覇の４番、関学大でもラストシーズン優勝 |
| 竹田隼人 四国学院大 | 投 右左 179cm75kg | 149km記録の速球派投手 |
| 末永彰吾 NTT東日本 | 投 右右 175cm65kg | 150kmの速球でリリーフで活躍 |
| 大城基志 ＪＸーＥＮＥＯＳ | 投 左左 172cm65kg | 143ｋｍのストレートもキレがありプロ注目だった。 |
| 大塚椋司 ＪＸ－ＥＮＥＯＳ | 投 右右 178cm82kg | 151ｋｍマークの速球派 |
| 上杉芳貴 トヨタ自動車 | 投 右右 179cm75kg | 150kmの速球武器も変化球が緩い。 |
| 大山暁史 セガサミー | 投 左左 168cm67kg | 腕の振りがコンパクトで見えにくいが切れの良いストレート |
| 広本拓也 日本生命 | 捕 右右 183cm83kg | 阪神がマークの強肩捕手 |
| 宮崎雅史 三菱重工神戸 | 内 右右 175cm79kg | 50m5.9秒の俊足に遠投１２０ｍの強肩遊撃手 |
| 渡辺貴美男 JX-ENEOS | 内 右左 164cm66kg | 国学大を優勝させJX-ENEOSも優勝させた内野手 |
| 田畑秀也 JX-ENEOS | 外 右左 180cm70kg | 三拍子揃った能力の高い外野手 |
| 井領雅貴 JX-ENEOS | 外 右左 175cm80kg | 都市対抗で松永昂大から本塁打など打率．３７５を記録 |
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