2020年のセンバツ大会に出場する21世紀枠の推薦校が都道府県推薦の46校から各地区の9校に絞られた。
2020年センバツ21世紀枠候補高校と注目選手
各地区の推薦校。出場校3校は1月24日の選考委員会で決定する。
| 地区 | 都道府県 | 高校 | 成績 | 注目選手 |
| 北海道 | 北海道 | 帯広農 | 地区4強 | エース・井村塁選手は135キロ投げる 梶祐輔選手は2年生になり本塁打を打てるようになった |
| 東北 | 青森 | 東奥義塾 | 4強 | |
| 岩手 | 盛岡商 | 4強 | 桜庭悠空投手1年 | |
| 秋田 | 由利 | 4強 | 佐藤哲矢投手 | |
| 山形 | 鶴岡工 | 8強 | ||
| 宮城 | 仙台商 | 準優勝 | ||
| 福島 | 磐城 | 地区8強 | 東北大会初戦で勝利の翌日未明に台風19号被害をしたが ボランティア活動をしながら2回戦も勝利し8強入り |
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| 関東 | 茨城 | 常磐大高 | 8強 | |
| 栃木 | 宇都宮 | 県8強 | 中山太陽選手は県大会で本塁打打ち県選抜入り エース・藤田壮大投手も文武両道 |
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| 群馬 | 伊勢崎清明 | 8強 | ||
| 埼玉 | 川口市立 | 4強 | ||
| 山梨 | 駿台甲府 | 準優勝 | 大須賀秀人投手 藤井貴也投手 |
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| 千葉 | 東金 | 16強 | ||
| 東京 | 日大二 | 8強 | ||
| 神奈川 | 三浦学苑 | 4強 | 塩崎拓哉 | |
| 北信越 | 長野 | 木曽青峰 | 16強 | |
| 新潟 | 北越 | 優勝 | ||
| 富山 | 高岡南 | 8強 | ||
| 石川 | 金沢商 | 4強 | ||
| 福井 | 敦賀 | 地区8強 | 春4回、夏17回の甲子園出場をする古豪 狭いグラウンドと短い練習時間の中、県準優勝 |
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| 東海 | 静岡 | 浜松西 | 4強 | |
| 愛知 | 東浦 | 16強 | ||
| 岐阜 | 大垣西 | 4強 | ||
| 三重 | 近大高専 | 県優勝 | 白石晃大投手は178cmの右腕で最速137キロ速球 高専だがドラフト候補が出てくる強豪チーム |
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| 近畿 | 滋賀 | 伊香 | 県4強 | エース・隼瀬一樹投手は178cmから140キロ記録し プロも注目する |
| 京都 | 西城陽 | 4強 | ||
| 奈良 | 奈良 | 4強 | ||
| 和歌山 | 日高中津分校 | 4強 | ||
| 大阪 | 箕面学園 | 8強 | ||
| 兵庫 | 市西宮 | 8強 | ||
| 中国 | 岡山 | 岡山一宮 | 16強 | |
| 鳥取 | 倉吉東 | 4強 | ||
| 広島 | 油木 | 16強 | ||
| 島根 | 平田 | 地区8強 | 2年連続3度目の地区推薦に 野球の普及のため幼稚園・保育園で野球体験会実施 |
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| 山口 | 豊浦 | 優勝 | ||
| 四国 | 香川 | 高松北 | 8強 | |
| 愛媛 | 松山北 | 8強 | ||
| 徳島 | 城東 | 地区8強 | 県屈指の進学校、1996年に創部し清掃活動を実施 四国大会でも初勝利 |
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| 高知 | 高知工 | 8強 | ||
| 九州 | 福岡 | 宗像 | 4強 | 石橋昂樹遊撃手 |
| 佐賀 | 白石 | 4強 | ||
| 長崎 | 大村 | 8強 | ||
| 熊本 | 球磨工 | 16強 | ||
| 大分 | 大分国際情報 | 4強 | ||
| 宮崎 | 宮崎北 | 4強 | ||
| 鹿児島 | 枕崎 | 4強 | ||
| 沖縄 | 本部 | 8強 | 選手17人で県ベスト8入り |
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